Dans la nuit du 3 au 4 juin 1940, certaines unités purent bénéficier des ultimes navires de l’opération « Dynamo ». Le matin du 4 juin 1940, les combats avaient cessé: les Allemands occupaient toute l’agglomération dunkerquoise. Au port, les défenseurs du camp retranché parmi lesquels se trouvait la majorité des hommes de la 12ème D.I.M allaient grossir le flot des prisonniers de guerre. Lors de leur déploiement dans la commune de Leffrinckoucke, les troupes allemandes prirent possession du Fort des Dunes.
Dès les premiers jours de l’Occupation, les autorités allemandes organisèrent le déblaiement de l’ouvrage, en imposant à la municipalité locale, la réquisition d’équipes d’ouvriers. La tâche prioritaire fut de construire un pont provisoire afin de pénétrer dans l’ouvrage et de dégager les différentes galeries. Les travaux de déblaiement permirent la découverte de nombreux cadavres ensevelis sous des masses imposantes de maçonnerie et de sable. Il fallut aussi exhumer les corps dont celui du général Janssen qui avaient été enterrés provisoirement pendant les combats. Toutes les dépouilles furent, après identification, regroupées au pied du glacis à l’Ouest du fort dans un cimetière qui allait ensuite accueillir les autres tombes des centaines de militaires décédés sur le territoire de la commune. Les témoignages de Leffrinckouckois ayant participé à ces exhumations montrent combien cette mission fut particulièrement pénible.
- «..; Lorsque que nous rentrions le soir, après notre sordide besogne, nous nous lavions à l’eau de Cologne... »
- « ...Dans le bâtiment qui servait d’infirmerie pour la 12ème D.I, le plafond avait écrasé les malheureux qui se trouvaient en dessous. Vous imaginez l’état des corps que nous dégagions et l’odeur qui imprégnait notre environnement. Même les cigarettes sentaient le cadavre... »
- « ...Nous retrouvions des casques de l’armée française qui n’étaient plus que des feuilles de métal écrasées, avec au centre des restes de crâne humain... »
- «...Sous la voûte de l’entrée, le corps d’un motocycliste fut retiré du sable et des briques qui l’avait recouvert. Ce qui nous surprit, c’est qu’il tenait encore parfaitement son engin. Mais la chose la plus sinistre, c’est qu’il fallut couper le doigt de ce cadavre pour récupérer son alliance afin de l’envoyer à la famille... » (22)
La destruction de la galerie d'entrée etayée
Hormis une partie des ruines de la caponnière nord, les différentes parties du fort qui avaient subi des destructions furent déblayées. Les tonnes de gravats et de sable qui obstruaient les différentes galeries furent déversées notamment dans la cour du pavillon des cadres ce qui eut pour conséquence de surélever d’une façon conséquente cette surface. Les Allemands firent renforcer la voûte du passage reliant la cour centrale à la cour sud par une couche de béton renforcée de structures métalliques dont des rails d’une voie Decauville. Lors des travaux de déblaiement du fossé de l’entrée, des ouvriers découvrirent une malle comprenant certainement les liquidités de trésorerie de la 12ème D.I.M. Les autorités allemandes s’empressèrent de récupérer ce butin de guerre. Dans les cours, tous les véhicules abandonnés où détruits furent évacués de même que ceux qui encombraient les glacis.
Rendu de nouveau utilisable, les Allemands intégrèrent le fort dans le dispositif du Mur de l’Atlantique sous le nom de code « Dalhie ». Pour des raisons stratégiques, ils inversèrent le rapport entre les fortifications tel que l’avait conçu Séré de Rivières au XIXème siècle : le Fort des Dunes devenait en quelque sorte une annexe de la Batterie de Zuydcoote. Le casernement servit de lieu d’intendance et de cantonnement pour l’artillerie de marine allemande. La structure de certaines pièces du bâtiment des troupes fut légèrement modifiée. Au mur d’une chambrée, les traces d’un aigle nazi et de quelques slogans restent encore visibles. La poudrière fut transformée en salle de spectacle. Elle possède toujours la scène réalisée à l’époque ainsi qu’une décoration spécifique dont une fresque murale représentant un paysage urbain s’inspirant apparemment du film « Métropolis » de Fritz Lang (1927). L’indication « Zum Theater » fut peinte dans la galerie d’accès. La présence allemande devait être conséquente car une douzaine de femmes de service fut employée au fort par les troupes de marine allemande dans le cadre des réquisitions de personnels budgétisés sur les frais d’occupation.
La fresque du fond de scène dans la poudrière
Sur les cartes des services de renseignements alliés en 1944 et 1945, l’ouvrage était considéré comme un lieu de stockage de nourriture (23). Mais le fort des Dunes eut un rôle plus important. Au sommet du parapet surplombant la cour des services, les unités du « Marine-Artillerie-Abteilung » installèrent un radar. Du type « Würzburg See Reise Fumo 214 », il était monté sur un plot bétonné hexagonal. Sa coupole métallique de 7,5 m de diamètre protégée au sud par un mur s’occupait tout particulièrement de la détection de but marin ainsi que la direction des tirs de la batterie de marine toute proche. Des pièces d’artillerie anti-aérienne furent implantées dans les champs jouxtant le pont de Leffrinckoucke, pour couvrir de leurs feux, l’édifice. A l’angle ouest, au-dessus du mur d’escarpe, l’organisation Todt bâtit un blockhaus, du type « Regelbau n°680 » version marine, armé d’une mitrailleuse prenant en enfilade la voie ferrée entre Dunkerque et Furnes (24). Le M.A.A. modifia la structure de cette casemate en obstruant une partie de l’embrasure et la porte d’entrée par des maçonneries conséquentes ( à l’heure actuelle, la raison de ces travaux nous est inconnue ).
L'embrasure du blockhaus sur le parapet nord-ouest
Une petite casemate édifiée sur le parapet nord-ouest permettait de surveiller la route de la Batterie de Zuydcoote. Au cours des combats qui marquèrent « la poche de Dunkerque », de septembre 1944 à mai 1945, les Allemands durent modifier leur organisation stratégique. Deux réseaux de trois tranchées maçonnées se terminant par des encuvements pour mitrailleuse légère furent construits sur le parapet sud face aux zones inondées. Au sommet du massif central, une mitrailleuse lourde en encuvement bétonné assurait la protection aérienne du fort.
